This project deals with an alanine scan of a single Protein, eqFP611. The protein is originally from the Bubble-tip anemone (Entacmaea quadricolor) and of high interest as it emits bright red fluorescent light. These proteins are used in a new technique called FRET microscopy which enables scientists to take a view of unimaginable precision at living cells. Unfortunately these proteins have the tendency to stick together and build lumps of 4 individual proteins. This will have a serious effect on the results that one will get from experimental measurements. The alanine scan (where residues get mutated to alanine) should identify which parts of the protein are "the stickiest" and how we could change these parts so that the protein still shines bright red and does not form lumps.

The potential outcome of these simulations is to provide a better microscope to scientists all over the world and help them to better see and understand the tissue samples they have under study and come up with better drugs. A doctor is just as good as the tools he has at hand.

On the BOINC network are two kinds of jobs for this project. The job type "biomarker" simulates the dimer of the protein, "biomarker2" only a monomer. Both jobs are needed for the desired results.

BOINC Jobs

  • biomarker
  • biomarker2

German

Dieses Projekt behandelt einen Alanin Scan für ein einzelnes Protein, eqFP611. Das Protein stammt ursprünglich von der Blasenanemone (Entacmaea quadricolor) und ist von Interesse, da es in hellem Rot fluoresziert. Diese Proteine werden in der FRET Mikroskopie eingesetzt, einer neuen Technik, die es Wissenschaftlern erlaubt lebende Zellen mit einer unvorstellbaren Präzision zu betrachten. Unglücklicherweise haben diese Proteine die Eigenschaft aneinander zu kleben und Klumpen aus 4 einzelnen Proteinen zu bilden. Dies hat einen schwerwiegenden Effekt auf die Resultate experimenteller Messungen. Der Alanin Scan (bei dem Residuen zu Alanin mutiert werden) ist in der Lage festzustellen, welcher Teil des Proteins "der klebrigste" ist, und wie wir diesen Teil ändern können um die Leuchteigenschaft beizubehalten, aber gleichzeitig das Verklumpen zu vermeiden.

Die Ergebnisse dieser Simulationen sollen bessere Mikroskope für Wissenschaftler der ganzen Welt ermöglichen, um Gewebeproben besser sehen und somit verstehen zu können und dadurch auch die Entwicklung besserer Medikamente zu fördern. Ein Arzt ist nur so gut wie die Werkzeuge in seiner Hand.

Im BOINC Netzwerk gibt es zwei Jobarten für dieses Projekt. Der Typ "biomarker" simuliert das Dimer des Proteins, "biomarker2" nur ein Monomer. Beide Jobs werden für die gesuchten Ergebnisse benötigt.